Un protocole d'intention pour la réalisation de la deuxième phase de la branche est de la LGV Rhin-Rhône a été signé ce 18 janvier à Paris par le ministre des Transports Thierry Mariani, Réseau ferré de France (RFF) et les présidents des régions Bourgogne, Franche-Comté et Alsace. Il "a pour objectif de définir les perspectives d'engagement des travaux de cette nouvelle étape", selon le ministère des Transports. Une fois achevée, cette deuxième phase (qui comporte deux sections) complètera les deux extrémités de la première phase d'environ 15 km vers l'ouest (entre Genlis et Villers-les-Pots, en Côte-d'Or) et 35 km vers l'est entre Petit-Croix (Territoire de Belfort) et Lutterbach (Haut-Rhin). Son coût a été estimé à 850 millions d'euros pour les 35 km à l'est et à 310 millions d'euros pour les 15 km à l'ouest. Le protocole prévoit également "un objectif de signature de la convention de financement à la fin du premier semestre 2013", selon le ministère. Le début des travaux de la section est de cette phase pourrait intervenir au plus tard en 2014.
La première phase de la branche est s'est achevée le 11 décembre dernier par l'ouverture commerciale de 140 km de LGV entre Villers-les-Pots et Petit-Croix. La ligne permet d'ores et déjà de relier Lyon à Strasbourg en 3 h 40 et a notamment réduit le temps de parcours sur certaines liaisons depuis Paris : 2 h 15 de trajet vers Belfort (gain de temps de 1 h 30) ou 2 h 40 de trajet vers Mulhouse (gain de temps de 30 minutes).
Même si les régions se sont mises d'accord sur leur participation financière, les participations de l'Etat et de RFF restent toutefois en attente et le feu vert pour lancer les appels d'offres et les travaux n'est pas accordé.
Pour que la LGV Rhin-Rhône soit complètement achevée, devront s'y ajouter à l'avenir une branche sud, de Dijon à Lyon, et une branche ouest, de Genlis vers Dijon, qui doit permettre de connecter la branche est à la LGV Paris-Lyon en traversant l'agglomération dijonnaise.
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